Paraziták ökológiai és filogenetikai specifitása

Mindazonáltal kevés a vízben élő élőhelyeken való elterjedtségük. Itt vizsgáljuk a Perkinsus és a Parvilucifera Perkinsea protisztikus paraziták sokféleségét és eloszlási mintáit. Megközelítésünk a 18S rDNS gén es pirozekvencia-vizsgálatát foglalja magában, melyet magas tengerszint paraziták ökológiai és filogenetikai specifitása tóból Finsevatn-tó, Norvégia nyertünk, és minden nyilvánosan hozzáférhető szekvencia filogenetikai elemzését a Perkinsea-val kapcsolatban.

Az alkalmazott PCR primerek egy bp hosszúságú területet céloznak meg, amelyek magukban foglalják a 18S rDNS gén variábilis V4 régióját, és optimalizálták a technológia Titán korszerűsítésére.

Majdnem bp-nél hosszabb szekvenciákat a paraziták emberi érzelmekből táplálkoznak szinte az összes eukarióta szupergocsából, és ezek közül 13 egyedi szekvenciát kapcsoltunk Perkinsea-hoz.

Így a amplikon-szekvenálás új stratégiája képes volt a távoli kapcsolatban álló eukarióták és a korábban ismeretlen Perkinsea fajok sokféleségének helyreállítására. Ezenkívül azonosítottunk 40 Perkinsea-szekvenciát a GenBank-ban, amelyeket más közelmúltbeli sokféleségfelmérések generáltak.

Fontos, hogy ezeknek a szekvenciáknak a filogenetikai elemzése 17 élőhelyspecifikus tengeri és édesvízi cládát Paraziták ökológiai és filogenetikai specifitása azonosított. Ezért Perkinsea teljes története során csak néhány sikeres átmenet történt az élőhelyek között, ami arra utal, hogy a tengeri és az édesvizek közötti határ akadályt jelenthet az intracelluláris paraziták keresztkötéseire.

Bevezetés A parazita egysejtű eukarióták protisták jelentős hatással lehetnek az ökoszisztéma működésére. Például a nagy mikroalga-populációk elhullása számos vízi ökoszisztémában befolyásolhatja az egész élelmiszerláncot Chambouvet et al.

A paraziták fontosságát elismerték a makroorganizmusok ökológiai és evolúciós tanulmányaiban, azonban ezek hatása a protisztens befogadó populációkra eddig rosszul vizsgált. Az új vizsgálatok arra utalnak, hogy léteznek nagyszámú protisztikus paraziták, amelyek megfertőzik más egysejtű eukariótákat Chambouvet et al.

Ezért fontos kérdés, hogy ezek a parazita protisták spatiotemporális skálákban oszlanak meg, és hogy követik-e az egysejtű gazdaszervezetek eloszlását. A legújabb tanulmányok azt mutatják, hogy a sóoldat és az édesvizek filogenetikailag elkülönülő taxonokat tartalmaznak, ami azt jelenti, hogy a legtöbb eukarióta és prokarióta-csoport fejlődése során ritkán fordult elő ezek a környezetek közötti kereszt-kolonizációk Logares et al.

Mivel a parazitáknak általában a gazdaszervezethez és az extracelluláris környezethez kell igazodniuk, ezért spatiotemporális eloszlási mintázatuk eltérhet a szabadon élő protisztusoktól. Különösen, a paraziták, amelyek életciklusuk nagy részét a gazdasejt sejtjein töltik, jobban hajlamosak áthaladni a sóoldat-édesvízi határon, mivel az extracelluláris vízi környezetre való kitettségük minimális lenne.

A parazita protisták közül az egyik legkülönbözőbb csoportja az Alveolata, amelyben az Apicomplexa például Plasmodium, Cryptosporidium és Toxoplasma és a dinoflagellátumokhoz például Ellobiopsidok, Perkinsus és Parvilucifera kapcsolódó számos vonal teljesen parazita.

Ezen túlmenően a környezetvédelmi szempontból 18S rDNS-könyvtárakból, az úgynevezett tengeri alveolátokból MA származó, rendkívül bőséges és széles körben elterjedt csoport nagyrészt parazita lásd Guillou et al.

Azonban a mikroszkópiás megfigyelések, valamint a mélyen eltérő alveolát 18S rDNS-szekvenciákról szóló jelentések az édesvízi Perkinsea-fajok létezésére utalnak Brugerolle,; Green és mtsai, ; Richards et al.

Lefèvre et al. Annak ellenére, hogy az eukarióta sokféleségéről számos felmérés történt az elmúlt évtizedben mind a tengeri, mind az édesvizekben López-García és Moreira,nagyon kevés tanulmány foglalkozott a legkülönbözőbb dinozoa-val, kivéve az IH-t. Itt vizsgáljuk egy másik dinozoan csoport, a Perkinsea sokféleségét és eloszlását a nyilvánosan elérhető szekvencia adatbázisok keresésével, és a 45S-es rDNS-t es pirozekvencia segítségével, melyet egy magas hegyi édesvízi tóból Finsevatn-tó, Norvégia kaptunk.

Eredményeink a Perkinsea nagy és korábban ismeretlen sokféleségét jelzik, és szigorú bizonyítékot szolgáltatnak a Perkinsus és a Paraziták ökológiai és filogenetikai specifitása közeli édesvízi fajok létezésére.

A fák 17 új élőhelyspecifikus tengeri és édesvízi kádat is tartalmaztak PERKami arra utal, hogy a tengeri és édesvizek keresztkötése csak néhány alkalommal történt meg Perkinsea teljes történetében.

A Finsevatn egy magas hegyvidéki oligó-mezotróf tó, amely m tengerszint feletti magasságban van egy sarkvidéki éghajlati régióban. A 18S rDNS-gén variábilis V4-régiójának amplifikálására és es piro-szekvenálására PCR-stratégiát terveztünk a lehető legszélesebb eukarióta diverzitás erősítésére. A kövér helminták veszélye amplikon hossza körülbelül bázis, és ezért alkalmas az emulzió PCR kísérleti körülményeire.

Az amplifikációt két lépésben végeztük. Az első az univerzális 3NDf Cavalier-Smith és mtsai. Az első amplifikációs kör PCR programja: 94 ° C 2 percig, majd 34 ciklus 30 másodpercig 94 ° C-on, 30 másodperc 59 ° C-on, 60 másodperc 72 ° C-on, végső kiterjesztés 72 ° C-on. A második amplifikációs kör a következő volt: 94 ° C 2 percig, majd 15 ciklus 30 másodpercig 94 ° C-on, 30 másodperc 60 ° C-on és 1 perc 72 ° C-on, majd 20 ciklus 30 másodpercig 94 ° C-on. A szekvencia minőségét több kritérium alkalmazásával értékeltük; leírtak, amelyek degenerált bázisokkal rendelkeztek, az általános alacsony minőségű pontszámot és bp-nál rövidebbek voltak.

Emellett azonos olvasmányokat is eltávolítottunk a leghosszabb olvasmányokat megtartottuk.

1. Tetszenek-e a tetvek jó gazda a gazda történelemhez?
2. Rendszerbiológia Absztrakt A kullancsok, kórokozók és gerinces állományok természetes fókuszai olyan komplex kapcsolatokat mutatnak, amelyek kulcsfontosságúak a kórokozók és a fertőzések dinamikájához a tájon keresztül.
3. Galandféreg galandféreg kezelés

Az alveolátokkal kapcsolatos szekvenciákat ezután választottuk ki és használtuk a filogenetikai elemzésekhez. Ezen alveolát szekvenciák mindegyikét gondosan ellenőriztük a Phred minőségi pontszámok kézi ellenőrzésével, hogy elkerülhető legyen a változó helyek felvétele az artefaktumok szekvenálásával.

A polihomomer-régiókhoz viszonyított indelek általában alacsony Phred-pontszámot mutatnak, és az ilyen oszlopok az igazításokban nem vettek figyelembe a filogenetikai elemzések során.

Ezenkívül az apomorf nukleotid karaktereket a PCR és a szekvenálási folyamatok hibái generálhatják, mesterségesen nagy számú egyedi olvasatot generálva.

Az orvosi mikrobiológia tankönyve

Ezért a filogenetikai elemzésekhez csak olyan változó karakterű Perkinsea-szekvenciákat engedélyeztünk, amelyeket legalább két független szekvencia osztott meg, amelyek közül a leghosszabb volt.

Adatbányászat és Perkinsea-szekvenciák azonosítása Több nyilvánosságra hozott felmérés eredményeinek vizsgálatával S2. Táblázat a Perkinsea-val potenciálisan összefüggő, 18S-es környezeti rSNS-szekvenciákat azonosítottunk. Annak igazolására, hogy az összes új és letöltött szekvencia evolúciós kapcsolatban állt Perkinsea-val, elemeztük őket az eukarióták széles mintavételével lásd Berney et al.

Az illesztés AL1 taxonból és egyértelműen összehangolt karakterből állt, és MacClade v4. Alveolát- és Perkinsea-illesztések Az AL1-ből származó következtetett globális eukariótafa alapján egy másik, csak alveolát taxont és a Perkinsea-hoz kapcsolódó azonosított környezeti szekvenciákat AL2 építettünk, hogy növeljük az egyértelműen összehangolt karakterek számát AL2 taxonból és nukleotid pozícióból állt.

Az igazítást manuálisan szerkesztettük, és a kétértelműen illesztett karaktereket kizártuk a MacClade v.

A kiigazításból előállított fát használtuk kiméra és lényegében azonos szekvenciák azonosítására és eltávolítására az illesztési méret csökkentéséremajd az analíziseket megismételjük 1. Három kiméra szekvenciát azonosítottunk vizuális ellenőrzéssel Berney és mtsai.

Kétet eltávolítottunk EU, EU és a harmadik AYde a kiméra szekciót eltávolítottuk bp a 3'-végtől. Ezen túlmenően, a Perkinsea-n belüli filogenetikai kapcsolatok további vizsgálatára az AL 2 alapján egy Perkinsea szekvenciákat tartalmazó AL3, 59 taxon és karaktert állítottunk össze.

Továbbá, mivel az ebben a vizsgálatban generált összes szekvencia kiterjed a V4 régióra. Teljes méretű kép Filogenetikai elemzések Az összes igazítás maximális valószínűségi elemzését a RaxML v. Valamennyi elemzés során az általános időkorlátos GTR modellt, amely paramétereket tartalmaz a γ-eloszlott sebességváltozásokra G és a változatlan helyekre I.

NKFI-EPR:Ivari szelekció, ivararány és ivari dimorfizmus gazda-parazita rendszerekben

A véletlenszerű fákból származó 10 heurisztikus fa keresésből származó valószínűségi pontszámokat generáltunk, és a legmagasabb becsült valószínűségű topológiát választottuk ki. A bootstrapping-t pszeudoreplikátummal végeztük ugyanazzal az evolúciós modellel, mint a kezdeti keresésnél, de egy ismétlődéssel egy heurisztikus kereséssel. A bayesi filogenizmust a 2. Két független következtetést vontunk be, amelyek mindegyike véletlenszerű kezdőfákból származott.

A fák utáni valószínűségeit pps és a fák átlagos valószínűségi értékeit az égési fázis után számítottuk ki, amelyet az eredetileg mintavételezett fák marginális valószínűségi pontszámai alapján határoztunk meg.

A két futam átlagos osztott frekvenciája 0, 01 alatt volt, ami a konvergenciát jelzi. Gyorsan fejlődő taxonok és karakterek eltávolítása hiányzó adatokkal Mivel úgy tűnik, hogy a Parvilucifera gyorsan fejlődik, és így hajlamosak lehetnek a hosszú ágú vonzerő artefaktumokra, az AL3-at mind a Parvilucifera szekvenciákkal, mind a nélkül, valamint a fa hosszú távú elágazó taxonjaival elemeztük EU és EU A homoplazma és a telítettség további teszteléséhez a gyorsan fejlődő helyeket azonosítottuk és eltávolítottuk az AIR programcsomag Kumar et al.

A helysebességeket a HKY85 szubsztitúciós modell és a fentebb leírt 3 igazítás maximális valószínűségi analízisével kapott fa topológia alkalmazásával számítottuk ki.

A helyszíni arányokat nyolc kategóriába soroltuk, a 8.

A VISELKEDÉSÖKOLÓGIA MODERN IRÁNYZATAI - PDF Free Download

A hiányzó adatok környezeti szekvenciákban kifejtett hatásának felméréséhez az AL3 terminális régióit töröljük, amelyek a környezeti szekvenciákban hiányzó nukleotidokat tartalmaztak. Ezeket eltávolították, ami 55 taxonból és karakterből áll. A tengeri és édesvízi ágak filogenetikai szétválasztásának statisztikai vizsgálata A megállapított Perkinsea-kládban a 2. Az UniFrac szignifikancia teszt permutációt tartalmazott, és a P -értéket korrigáltuk többszörös összehasonlításokhoz a Bonferroni korrekciójával.

Az orvosi mikrobiológia tankönyve | Digitális Tankönyvtár

Az elemzések és a támogatási értékek leírását lásd az 1. A kék vonalak az édesvízi vonalakat és a fekete vonalak jelzik a tengeri vonalakat. A korlátozott tér miatt az érintett csomópontok támogatási értékei külön táblázatban jelennek meg, a megfelelő csomópontokkal a csomópontokon számokkal jelezve. A Parvilucifera sp. Teljes méretű kép Eredmények és vita Új édesvízi Perkinsea és a titokzatos dinozoan-ágak jobb filogenetikája A 18S rDNS V4 amplikonok a Finsevatn-tóból generált pirozekvencialépése mintegy 10 leolvasást eredményezett, átlagos hossza bp.

Az alacsony minőségű olvasmányok és a bp-nál rövidebb leolvasások a további elemzésekhez szekvenciát hagytak. Ezek közül 53 olvasatot osztályoztak a Perkinseahoz trichocephalosis kórtörténet, az NCBInr adatbázishoz viszonyított BLAST keresések alapján, ami 13 egyedi sorozatot eredményezett a minőségértékelés után.

Az új szekvenciákon kívül nyilvánosan hozzáférhető adatbázisokban 40 különböző 18S rDNS szekvenciát feltételezett Perkinsea eredetűnek találtunk, így tanulmányunk a Perkinsus és Parvilucifera potenciálisan összefüggő, a mai napig összeállított legnagyobb szekvenciák egyikét tartalmazza.

Az alveolátum sokféleségének legnagyobb féregparazita ágában bekövetkezett fokozott taxonválasztásnak köszönhetően és a covarion evolúciós modelljével való szekvenciák elemzésével nagy támogatást kaptunk a Perkinsus és a Parvilucifera klaszterezéséhez a Perkinsea osztályban Cavalier-Smith, Ezeknek a csoportoknak az elágazási sorrendje nagyon egybeesik az alveolátusok legújabb osztályozásával Cavalier-Smith,de még mindig nem világos, hogy az MA-t be kell-e vonni a dinoflagellátumokba vagy a nővérek közé lásd Massana et al.